Ernst Theis je študiral na dunajski Akademiji za glasbo in uprizoritveno umetnost (današnja Univerza za glasbo in uprizoritveno umetnost). Dirigentsko kariero je začel pri Avstrijskih komornih simfonikih, kjer je med letoma 1991 in 2003 deloval kot umetniški in generalni direktor. V tem času se je posvečal predvsem delom klasičnih modernistov, sodobnim delom in dunajskemu klasičnemu repertoarju. Leta 1996 je postal kapelnik v dunajski Narodni operi in tam ostal štiri leta. Istega leta je sodeloval na mednarodnem dirigentskem tekmovanju v okviru darmstatske poletne šole za novo glasbo, kjer ga je žirija, ki ji je predsedoval Péter Eötvös, nagradila s prvo nagrado. Sodeloval je s številnimi priznanimi simfoničnimi, filharmoničnimi in radijskimi orkestri v Avstriji in drugod po Evropi (Sankt Peterburg, Basel, Bochum, Varšava, Köln, München, Hannover, Leipzig, Dunaj, Linz, Bratislava).

Od leta 2015 ga zastopa priznana japonska agencija Japan Arts, tako je leta 2018 debitiral tudi na Japonskem kot dirigent Simfoničnega orkestra v Osaki. Med letoma 2003 in 2013 je bil glavni dirigent državne operetne hiše v Dresdnu, ki jo je popeljal na uspešno pot preživetja vse do odprtja novega gledališča leta 2016. Potem se je posvetil novim idejam in sodeloval s številnimi uglednimi institucijami na področju radijske glasbe, veliko je tudi snemal. V zadnjem obdobju sega njegovo področje delovanja vse od zgodnjega dunajskega klasicizma do avantgarde. Sodeluje s številnimi orkestri po svetu. Od leta 2017 je tudi umetniški direktor festivala Klangbadhall, njegov najnovejši projekt pa je festival Freude now, ki naj bi se prvič zgodil leta 2020, a je bil zaradi epidemije prestavljen. Letos  bo debitiral v Nemški operi v Berlinu s simfoničnim repertoarjem.