Johannes Wildner je študiral dirigiranje, violino in muzikologijo na Dunaju in v Italiji. Izkušnje, ki jih je pridobil kot dolgoletni član Dunajskih filharmonikov, so pomembno zaznamovale njegovo nadaljnje glasbeno ustvarjanje. V praški Državni operi je deloval kot glavni dirigent, bil prvi stalni dirigent Opere v Leipzigu, generalni direktor Novega filharmoničnega orkestra Vestfalije ter glavni gostujoči dirigent Koncertnega orkestra televizijske mreže BBC v Londonu.
Od leta 2014 je profesor dirigiranja na Univerzi za glasbo in uprizoritvene umetnosti na Dunaju ter umetniški direktor avstrijskega festivala Oper Burg Gars. Od leta 2019 je glavni dirigent Simfoničnega orkestra Južne Danske.
Gostuje v opernih gledališčih po vsem svetu, od Tokia do Verone, od Bukarešte in Vilne do Avstrije in Nemčije ter dirigira znamenitim orkestrom, kot so Filharmonični orkester v Londonu, Filharmonični orkester v Sankt Peterburgu, Filharmonični orkester v Hongkongu, Bavarski radijski simfonični orkester ter Dunajski simfoniki.
Posnel je več kot sto avdio in video zgoščenk. Med njimi sta celotni različici Straussove operete Netopir in Mozartove opere Così fan tutte, operi Carmen in Figarova svatba ter Brucknerjeva Tretja in Deveta simfonija. S Koncertnim orkestrom televizijske mreže BBC je posnel dela že skoraj pozabljenih skladateljev d’Erlangerja in Braunfelsa, z Radijskim simfoničnim orkestrom ORF na Dunaju pa je ovekovečil poprej neznani repertoar Zeisla, Marxa in J. N. Davida.